捷運綠線是台南市捷運整體路網中重要的東西向路廊，可連結第一期藍線平實轉運站、台鐵台南車站、舊城區與安平地區，台南市交通局正辦理可行性研究修正作業，經市府內部共識，將以部分地下化並往東延伸至台39線為主要評估方案，全長約17.23公里，規劃設置19站，其中地下化路段由小東公園至水萍塭公園，約4.56公里，共6個地下車站。
交通局表示，台南捷運綠線路線修正方案東起台39，往西串連平實轉運站、台鐵台南車站，行經舊城區、永華市政中心至安平地方法院，修正路線站名暫定永康歸仁段（高架車站）G01 保吉路、G02 大灣民族、G03 大灣南興、G04 崑山科大、G05 復興里、G06 平實轉運站、G07 小東東興；核心市區段（地下車站）G08 成功大學、、G09 成大醫院、G10 台南車站、G11 台南南區、G12 美術2館、G13 西門和意、G14 市政府；安平段（高架車站）G15 永華安平、、G16 永華育平、G17 安億轉運站、G18 億載金城、G19 地方法院。
市長黃偉哲表示，台南市捷運優先路網藍線、藍延線、綠線、紅線、深綠線、黃線均已進行研究規劃階段，其中，進度最快的是第一期藍線，可望於2026年動土，而最重要的東西向路線的綠線，可串聯深綠線及藍線，同時行經舊城區及安平區的文化觀光景區，經市府團隊研議參酌先進工法，提出部分高架、部分地下化的可行性研究規劃設計，期能減少對城市景觀及道路等衝擊，他指示交通局儘快召開地方說明會，聆聽在地意見爭取共識，讓綠線進入綜合規劃階段。
交通局長王銘德表示，捷運綠線前期規劃採全線高架方案，惟因舊城區道路狹小，地方對高架軌道可能造成城市景觀衝擊而未達成共識，市府研議後提出初步修正方案，將舊城區路段採地下化設置以降低衝擊，並優化路線更為直捷，減少彎繞。另外，為了完善捷運路網發揮綜效，市府也評估將路線由平實轉運站往東延伸至台39銜接深綠線，可形塑捷運雙十字路網（綠線與藍線、深綠線；藍延線與深綠線），提供更全面的公共運輸服務。
為凝聚各界共識，在完成可行性研究修正前，交通局於今天起陸續辦理相關座談會及地方說明會向專家學者及民眾說明(相關資訊詳臺南市捷運工程處官網最新消息，https://traffic.tainan.gov.tw/rto/ )，聽取各方意見並納入檢討凝聚共識，俾利後續儘速完成可行性研究報告書並爭取本市議會同意後提送中央審議。
台南捷運路線修正規畫設置19站，其中6個地下站。